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Im Jahr 2006 machte die Nachricht aus den USA Schlagzeilen, Milliarden von Bienen seien verendet. Viele Bienenzüchter fanden leere Bienenstöcke vor. Die US-Regierung beauftragte eine Gruppe von Wissenschaftlern mit der Untersuchung dieses mysteriösen Sterbens, das sogleich einen eigenen Namen bekam: Colony Collapse Disorder (CCD; auf Deutsch: "Völkerkollaps"). Über die Ursachen gibt es bisher nur Vermutungen – Genmutation, neue Pestizide, Mobilfunkstrahlungen, ein Virus -, aber keine endgültige Erkenntnis. Seit Jahren investieren Regierungen und verschiedene wissenschaftliche Einrichtungen beachtliche Mittel in die Erforschung und mögliche Beseitigung der Ursache dieser sich anbahnenden Katastrophe. Hat die Wissenschaft eine Antwort gefunden? Kann sie die Bienen überhaupt retten?

Um diese Fragen zu beantworten, verfolgte der Dokumentarfilm "Das Geheimnis des Bienensterbens" die Arbeit verschiedener Wissenschaftlerteams, die mit unterschiedlichen Hypothesen die Ursachen der weltweiten Bedrohung der Honig- und Wildbienen zu verstehen versuchen. Der Film geht auch der Frage nach, wie es zu den radikalen Veränderungen im Verhältnis von Mensch und Biene kam, das sich lange Zeit im Gleichgewicht befand. Lange bevor ‚Colony Collapse Disorder' in die Schlagzeilen geriet, hatten Wissenschaftler und Bienenzüchter den Schwund der Bienen und anderer Bestäuber festgestellt.

Bisher gibt es keine genauen Diagnosen der Wissenschaftler. Aber selbst wenn die Forschung die Ursachen dingfest macht, ist damit noch kein Heilmittel gefunden. Die Wissenschaft bleibt machtlos, solange landwirtschaftliche Produktionsmethoden nicht hinterfragt und verändert werden. Ist die Menschheit bereit, sich dieser Herausforderung zu stellen?